Om de referentiesituatie vast te leggen startte het consortium (Grontmij, ECN, Alterra en WUR) in het najaar van 2010 een uitgebreid monitoringsprogramma in de Natura2000-gebieden Solleveld & Kapittelduinen , Voornes Duin en Duinen van Goeree & Kwade Hoek. Voor het laatste gebied zijn geen negatieve effecten voorspeld maar het gebied is wel meegenomen als referentiegebied.

Meetstrategie
De meetstrategie van het consortium bestaat uit monitoring van stikstofdepositie, vegetatie en standplaatsfactoren, waaronder zanddynamiek, beheer, bodemcondities, grondwater en weersomstandigheden. De stikstofmonitoring is het meest zichtbare onderdeel. Op vijftien plaatsen staan opstellingen die natte depositie opvangen en concentraties van verschillende stikstofcomponenten opvangen. Een veldmedewerker loopt maandelijks de meetopstellingen langs om meetbuisjes te vervangen en watermonsters te nemen.

Projectfasen
Met de ingebruikname van de Tweede Maasvlakte in 2013 wordt de eerste fase van het programma afgerond en is de opdracht van het consortium voltooid. Daarna start een vijfjarige meetronde waarin de eerste veranderingen in de stikstofdepositie en vegetatie worden vergeleken met de voorspellingen uit het MER en de Passende Beoordeling. Het programma loopt in principe door tot 2030 maar wordt na iedere fase opnieuw worden geëvalueerd.
 
Nieuwe inzichten
Omdat veel gegevens worden gemonitord kan dit project ook nieuwe inzichten opleveren over de relatie tussen duinvegetatie, stikstofdepositie en standplaatsfactoren. Ook kunnen beheerders de database gebruiken om de effecten van hun beheer te evalueren.